6288彩票

網站地圖 | 聯系我們 | English | 中國科學院
首 頁 概 況 機構設置 研究隊伍 研究中心 國際交流 院地合作 研究生培養 創新文化 相關研究所
 

 
現在位置:首頁>新聞動態>圖片新聞
北京生科院趙方慶團隊發表環形非編碼RNA識別新技術
發表日期: 2017-03-01 來源: 科研教育處
打印本頁 字號: 關閉

  2017228日,國際學術期刊Briefings in Bioinformatics发表了中國科學院北京生命科学研究院赵方庆团队题为Circular RNA identification based on multiple seed matching的最新研究成果。因爲目前在環形RNA識別方面存在著假陽性率高、敏感度不夠等問題,該團隊研究並提出了全新的多重種子匹配算法及最大似然估計模型,可以精確識別環形RNA接頭序列,以顯著提升環形RNA的識別效率。 

  目前已有的環形RNA識別算法均基于對環形RNA接頭序列的查找,可分爲基于注釋的算法以及從頭預測的算法。然而,由于真核生物轉錄的複雜性及環形RNA分子的特殊性,以上兩類識別算法均面臨著靈敏度低、可靠性差、運算時間長或內存使用高等問題,其應用也因此受到限制。此外,對上述識別算法的評價體系卻仍主要依賴模擬數據,難以對相關算法在真實轉錄數據中的表現進行客觀衡量。 

  針對此現狀,趙方慶團隊提出基于多重種子匹配策略的算法,針對比對質量較低的基因組區域,按長度降序進行種子序列提取,並將之與前後側翼基因組區域進行快速匹配。同時,建立了最大似然估計模型,判斷該種子序列的真實來源,並排除來自線性轉錄本或剪接副産物的幹擾,從而極大提高了環形RNA分子識別的精度。該研究摒棄了偏差較大的模擬數據評測方法,采用 RNase R降解前後真實轉錄數據的比對體系,對10種已有算法進行全面的評測比較。結果顯示本研究建立的方法在包含靈敏度與可靠性在內的綜合表現(F1得分)上具有明顯的優勢,其並行模式還可進一步提升運算速度及內存使用效率。該算法與此團隊開發的CIRI, CIRI-AS等分析工具(Genome Biology, 2015; Nature Communications, 2016)實現無縫銜接,將進一步促進環形RNA組成及功能等方面的研究。 

  该工作由赵方庆课题组的研究生高远和张金阳完成,得到了国家自然科学基金委和中國科學院的经费支持。 

  論文鏈接:https://academic.oup.com/bib/article/doi/10.1093/bib/bbx014/3058729/Circular-RNA-identification-based-on-multiple-seed 

  基于多重種子匹配策略的環形RNA識別算法

 

版权所有:中國科學院北京生命科学研究院
地址:中国.北京市朝阳区北辰西路1号院5号 邮编:100101
电话:(+86)10-64874346 传真:(+86)10-84504120
文保網安備案:1101050061